牙周炎的主要局部刺激因素是龈下牙石和病变牙骨质，通常采用超声波器械和手工刮除，但是牙周病变存在于一些器械不易到达的感染部位，如某些重度牙周炎患者的深牙周袋、窄而深的骨下袋以及后牙根分叉区病变等。由于器械难以到达感染的最深处,因此不能有效控制炎症和牙槽骨的吸收。同时，机械性清除牙石伴随的噪音和振动也带给患者精神压力。Er:YAG激光进行龈下牙石去除的显著优势在于，在充分的水雾冷却作用下不会对周围组织产生热幅射作用，如根面的炭化、熔融等,而且整个过程几乎无痛,无需麻醉，可大大降低患者的紧张感。但是需要注意的是,Er:YAG激光在去除龈下牙石的过程中，如能量过高会造成根面组织的过分清除。体外研究显示,Er:YAG激光与超声龈下刮治的效果相当，如以一定的倾斜角度接触根面，则能够清除牙骨质内深达15 ~30 nm的感染物质国。 另外体内研究提示,Er:YAG激光可用于选择性地 去除龈下牙石，其效果与传统的根面平整相似。 Frentzen等认为,应用能量160 mJ的Er:YAG激 光在喷水的条件下以20°角照射，肉眼观察龈下牙石被有效去除，未发现烧焦和炭化,光镜下根表面干净呈凹坑样粗糙，坑深度在传统龈下刮治划痕深度范围内，扫描电镜下根面表层有熔化迹象但深层未受热影响,根部无变性表征,并预测Er:YAG激光对 牙周痊愈不会起不良反应。

研究表明，输出功率1 ~2W的Er,Cr:YSGG激光垂直照射根面后出现的弹坑基底相对平坦，大多为层状外观,牙骨质结构清晰，可见胶原基质暴露对牙骨质损害不明显，有利于牙周细胞再附着。Eberhard等认为，应用Er,Cr:YSGG激光 (能量160 mJ,频率15 Hz)照射牙根面能去除龈下牙石、病变牙骨质，且不会造成牙本质暴露,而且照射区的化学结构保持不变。