牙菌斑生物膜是牙周病的始动因子，它是口腔中不能被水冲去或漱掉的细菌性斑块。尽管可通过局部用药来杀灭细菌，但长期应用会造成菌群对抗生素的耐受。激光对牙根表面的消毒、杀菌作用已被大量研究证实。Crespi等研究表明，应用Er:YAG激光(能量160 mJ,频率10 Hz)在喷水的条件下以 10°~15°角照射能大幅减少牙龈卟啉单胞菌和伴放线杆菌的牙周致病菌的存活量，并能清除根面上的细菌性脂多糖。Schwarz等在临床上对牙周病患牙用Er:YAG激光器以功率2 W,15°~20°照射根面，术后3个月微生物评估,能动杆菌和螺旋菌的数量大幅下降，而球菌和非能动杆菌数量则大幅上升。此后3个月内保持稳定,但能动杆菌和螺旋菌 在微生物总量中的百分比略有上升。Yaneva等近来研究显示,Er:YAG激光治疗中度慢性牙周炎1 个月后，激光治疗组总细菌量和牙周红色复合物细 菌量都明显降低(P =0.03),其效果优于洁治、刮治和根面平整(scaling and root planting, SRP)治疗。